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Der Körper braucht Zeit, um sich auf den mit zunehmender Höhe absinkenden Luftdruck einzustellen und dies bedeutet dramatische Veränderungen in den chemischen Vorgängen im Körper (bei der Atmung und im Blut). Bei 5500m ü. M. beträgt der Luftdruck etwa nur noch die Hälfte dessen wie auf Meeresniveau.
Ebenso verringert sich der Sauerstoff-Partialdruck (also die Menge Sauerstoff, die ein Kubikmeter Atemluft enthält) in den Lungenblässchen. Da aber im Gegensatz dazu der Druck in den Zellen praktisch gleich groß bleibt, gelangt nur noch halb soviel Sauerstoff in das Gewebe. Es tritt eine Sauerstoffunterversorgung ein. Die körpereigene Atemregulation wirkt dem zunächst nicht entgegen, da sie vornehmlich auf den Kohlendioxidgehalt (CO2) des Blutes reagiert. Dieser steigt bei abnehmendem Luftdruck aber nicht an.
Bei schwerer körperlicher Belastung nimmt der CO2 Gehalt im Blut zu, aufgrund dessen wird die Atmung forciert, die normale O2 – CO2 Balance wird wiederum hergestellt. Verringert sich der Sauerstoffgehalt der eingeatmeten Luft nun in der Höhe schlagartig zum Negativen, entgegnet das CO2 Reglersystem dem zunächst nicht, die Atmung bleibt unverändert. Bei zu schnellem Aufstieg kann das Sauerstoffdefizit sehr schnell eine Größe erreichen, wo die ersten Anzeichen der Höhenkrankheit auftreten. Erst nach mehreren Stunden beginnt der Körper die Sauerstoffanreicherung im Blut mit Mehratmung zu erhöhen. Dies erfolgt aber nur bis zu einem bestimmten Ausmaß, da Mehratmung auch gleichzeitig eine höhere CO2 Abatmung bedeutet. Das CO2 Reglersystem verlangsamt die Atmung daraufhin. Zusätzlich beginnen die Nieren nach einiger Zeit, den durch den CO2 Verlust ansteigenden pH-Wert durch vermehrtes Ausscheiden von NaHCO3 in den Urin zu kompensieren. Dies ist auch der Grund für das vermehrte Urinieren, der Körper passt sich an.
Die roten Blutkörperchen sorgen für den Transport des Sauerstoffs aus den Lungen in alle Regionen des Körpers. Ein Aufenthalt in Höhenlage und der damit verbundene Sauerstoffmangel führen zu einer roten Blutkörperchen Anreichung, die Sauerstofftransportkapazität des Blutes erhöht sich drastisch.
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